La réserve du Masaï-Mara est caractérisée par la diversité de ses paysages. On y rencontre aussi bien la savane que des escarpements boisés, des zones de forêts claires d'acacias et des forêts longeant la rivière Mara, ainsi que la brousse épineuse - appelée couramment le "bush". La savane est une vaste étendue d'herbes, dont la hauteur varie de quelques décimètres à plus de un mètre de haut, et parfois jusqu'à quatre mètres, où l'on trouve ça et là des buissons et des arbres clairsemés. Plus la pluviosité est importante, plus la végétation ligneuse l'est. La nature des herbes est assez diverse (graminées à hautes tiges dures, herbes vertes et plus grasses, petites pousses tendres) pour permettre à chaque espèce animale de se nourrir. Les collines sont parsemées d'arbustes dont le prince incontesté est l'acacia. Il survit à la sécheresse soit en perdant ses feuilles, soit parce qu il est doté de feuilles petites et coriaces, celles qu'adorent les girafes. On trouve également des tamarins, des banyans, des euphorbes et des baobabs, mais ces deux derniers sont présents surtout dans les zones arbustives ou le long de la rivière Mara. La brousse à proprement parler est formée de buissons et d'arbres bas. Les animaux viennent profiter de leur ombre en cas de trop grosse chaleur. Ils peuvent également s'y cacher pour échapper aux prédateurs. Cette abondance de végétation ne doit pas masquer le danger de la déforestation. Aujourd'hui, au Masaï-Mara, c'est essentiellement la savane qui domine, alors qu'il y a une centaine d'années le paysage était beaucoup plus boisé. Cette situation s'explique par la présence d'éléphants qui piétinent et abattent les arbres adultes et broutent les pousses qui pourraient régénérer la forêt, et par le feu. Les incendies, qui menacent gravement l'équilibre de l'écosystème, sont la hantise des animaux car ils détruisent les buissons, nourriture indispensable à de nombreuses bêtes comme les rhinocéros ou les impalas.